दिनांक 19.8.2000 रोजी महाराष्ट्र शासनाच्या सामाजिक न्याय आणि विशेष सहाय्य विभागामार्फत दिव्यांग व्यक्ती (समान संधी, हक्कांचे संरक्षण आणि पूर्ण सहभाग) अधिनियम, 1995 च्या कलम 60( नुसार) च्या तरतुदींची अंमलबजावणी करण्यासाठी स्वतंत्र दिव्यांग कल्याण आयुक्तालयाची  स्थापना अनुक्रमे  दिनांक 22 जानेवारी 2004 आणि दिनांक 14/10/2004 च्या शासन निर्णयानुसार करण्यात आली. 

दिव्यांग व्यक्तींसाठीचे आयुक्त, महाराष्ट्र राज्य सध्या सदर विभागाचे प्रमुख म्हणून कार्यरत आहेत. स्वतंत्र आयुक्तालयाच्या स्थापनेपूर्वी, दिव्यांग व्यक्तींसाठीच्या सर्व योजना समाज कल्याण विभाग, महाराष्ट्र शासन, पुणे यांच्यामार्फत राबविण्यात येत होत्या. आता दिव्यांग आयुक्तालय दिव्यांग व्यक्तींसाठी योजना राबवत आहे.  दिव्यांग कल्याण आयुक्तालय हे राज्यातील विविध मंत्रालयीन प्रशासकीय विभागांशी समन्वय साधण्याची प्रमुख भूमिका पार पाडीत आहे. दिव्यांग कल्याण आयुक्तालयामार्फत खालील कायद्यातील तरतुदींची अंमलबजावणी करण्यांत येत आहे.

• भारतीय पुनर्वसन परिषद कायदा, 1992.
• नॅशनल ट्रस्ट कायदा, 1999 (ऑटिझम, सेरेब्रल  पाल्सी मानसिक मंदता आणि एकाधिक दिव्यांगत्व असलेल्या व्यक्तींच्या कल्याणासाठी नॅशनल ट्रस्ट).
• दिव्यांग व्यक्ती  हक्क अधिनियम 2016.

दिनांक 15.12.2022 पासून सामाजिक न्याय आणि विशेष सहाय्य विभागाकडून दिव्यांग कल्याण मंत्रालयाचा विभाग नव्याने सुरू करण्यात आला आहे. हा नवीन विभाग प्रामुख्याने दिव्यांग व्यक्तींशी संबंधित धोरणात्मक मुद्द्यांवर सहज आणि जलद निर्णय घेण्यावर लक्ष केंद्रित करेल.

दिनांक 15.12.2022 च्या परिपत्रकानुसार विभागाला दिव्यांग कल्याण विभाग असे नवीन नाव देण्यात आले आहे.